Die Organisation der verschiedenen Ebenen nach dem Demokratieprinzip stimmt mit der der Mutterparteien überein. In Kreis-, Bezirks-, Landesverbänden sowie auf Bundesebene - hier sind dies der Deutschlandtag und der Deutschlandrat - gibt es jährliche Kongresse, die als Delegiertenversammlung und höchstes Entscheidungsorgan der jeweiligen Verbandsebene politische Beschlüsse fassen und einen Vorstand wählen, der die Geschäfte führt. Die ehrenamtlichen Vorstände werden dabei von Arbeitskreisen und hauptamtlichen Geschäftsstellen unterstützt. Auf Kreis- und Bezirksebene erfolgt dies durch die Geschäftsstellen der CDU bzw. CSU, auf Landes- und Bundesebene gibt es auch eigene JU-Geschäftsstellen. Auf Ortsebene besteht eine vereinfachte Struktur mit Mitglieder- oder Delegiertenversammlungen und Vorständen.
Die JU Deutschlands ist mit rund 120.000 Mitgliedern der größte politische Jugendverband in Deutschland und Europa. Auf europäischer Ebene ist die JU Mitglied der Jungen Europäischen Volkspartei, JEVP (Youth of the European People's Party – YEPP), der Jugendvereinigung der Europäischen Volkspartei (EVP), Dachorganisation der christdemokratischen, christlich-sozialen, volksparteilichen und konservativen Parteien Europas. Der JEVP gehören über 40 Mitgliedsorganisationen sowie Verbände mit Beobachterstatus aus fast allen europäischen Staaten an.
Innerhalb der JU besteht zudem die Schüler Union (SU) als Arbeitsgemeinschaft. Der Bundesverband gibt zur Information der Funktionsträger alle zwei Monate das Mitgliedermagazin DIE ENTSCHEIDUNG heraus.
